Karakterisasi Genom Parsial White Spot Syndrome Virus (WSSV) Pada Isolat Udang Vannamei (Penaeus vannamei)

Abstrak

Penyakit White Spot Syndrome Virus (WSSV) merupakan salah satu patogen paling mematikan dalam industri akuakultur global yang mampu menyebabkan mortalitas hingga 100% pada budidaya udang vannamei (Litopenaeus vannamei). Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi keberadaan virus secara molekuler serta mengarakterisasi genom parsial WSSV isolat Konawe Utara guna memahami profil genetik, komposisi nukleotida, dan hubungan kekerabatannya dengan isolat internasional. Metode penelitian meliputi pengambilan sampel jaringan udang yang menunjukkan gejala klinis infeksi, ekstraksi DNA, dan amplifikasi menggunakan teknik Polymerase Chain Reaction (PCR) bertingkat (Nested PCR). Produk PCR yang terkonfirmasi kemudian disekuensing menggunakan metode Sanger. Data sekuen hasil sekuensing dianalisis untuk komposisi nukleotida, serta konstruksi pohon filogenetik menggunakan metode Neighbor-Joining pada Mega XII. Hasil penelitian menunjukkan bahwa seluruh sampel udang vannamei asal Konawe Utara positif terinfeksi WSSV, dibuktikan dengan munculnya pita DNA spesifik berukuran 513 bp pada tahap pertama dan 258 bp pada tahap nested. Analisis karakterisasi 321 bp menunjukkan kandungan Guanin-Sitosin (G+C) sebesar 52,02%. Hasil analisis BLASTn mengungkapkan tingkat homologi yang signifikan (94,10% – 94,28%) dengan isolat global, di mana hubungan kekerabatan terdekat ditemukan pada isolat asal India (MW248106.1) dan Amerika (OQ858617). Variasi genetik sebesar 6% berupa mutasi titik dan gaps, yang menunjukkan bahwa isolat lokal ini telah mengalami mikroevolusi atau adaptasi spesifik terhadap lingkungan perairan di Sulawesi Tenggara. Kata Kunci: WSSV, Konawe Utara, PCR, Filogenetik, Udang Vannamei